К периоду Нового царства относится строительство храмов в Карнаке, Луксоре, Абидосе, Абу-Симбеле и пирамид в Долине фараонов в Фивах. Пришедший к власти Аменофис IV (1372—1354 гг. до н. э.) переносит столицу в Ахетатон (современную Эль-Амарну), вводит новый культ бога Атона вместо прежнего Амона, а сам принимает имя Эхнатон. Серьезные изменения в государственной жизни временно ослабили Египет, но уже преемники Эхнатона восстановили культ Амона и возвратили столицу в Фивы. Под руководством военачальника Хоремхеба Египет возвращает себе утраченные при Эхнатоне территории. Еще одним испытанием для Египта стало нашествие хеттов, которое было приостановлено лишь свирепой эпидемией. Неожиданная отсрочка позволила фараону Сети I (1312—1298 гг. до н. э.) даже отвоевать сирийский город Кадеш. Сын Сети I Рамсес II, правивший 66 лет, еще продолжал грандиозное строительство в Египте, хотя и терпел поражения в сражениях с хеттами. В восточной части Дельты он заложил новую столицу — Пер-Рамсес (около современного Кантира), чем снискал себе славу фараона-строителя. Однако последующие Рамсесиды все чаще стали сталкиваться с серьезными проблемами. В стране господствовала коррупция, жрецы приобретали все большую власть, народу не хватало даже хлеба, с севера наступали «народы моря», появившиеся в результате распада хеттского государства, с запада —ливийские племена.
После кончины Рамсеса XI, в 1085 г. до н. э., в стране разразилась гражданская война, которая в 1070 г. до н. э. положила конец династии Рамсесидов. Власть фактически перешла от фараонов к жрецам бога Амона, а царский титул перестал восприниматься как божественный. Время правления XXI—XXX династий называют Поздним периодом (иногда историки разделяют время правления XXI—XXV и XXVI— XXX династий на периоды Третьего междувластия и Поздний период). Уже при последних Рамсесидах Египет потерял свое прежнее влияние в Передней Азии. Жрец храма Амона в Карнаке Херихор стал фактическим правителем Верхнего Египта, а наследственный правитель одного из городов в Дельте (Таниса) Смендес властвовал на севере страны. Несубанебджед, могущественный правитель Таниса (Пер-Рамсеса), стал основателем новой, XXI династии, цари которой около ста лет правили Дельтой, поддерживая дружественные отношения с правителями и верховными жрецами Амона-Ра в Фивах. Через столетие на политическую арену выступили ливийцы, уже с давних пор проникавшие с запада и оседавшие в дельте. Еще со второй половины Нового царства пленные ливийцы использовались фараонами в качестве воинов-наемников. Впоследствии ливийцы селились в дельте целыми семьями. Шешонк, один из вождей-военачальников при последнем царе XXI династии, Псусеннесе II, в 950 г. до н. э. провозгласил себя царем и стал основателем новой, XXII ливийской династии.
Со времени переноса столицы из Таниса в Бубастис начинается новый период в истории страны. Шешонк I укрепил свою власть в дельте и объявил своего сына верховным жрецом Амона-Ра в Фивах. Казалось, страна вновь объединяется. Вскоре войска Шешонка вторглись в Палестину, в 945 г. до н. э. ими был взят и разграблен Иерусалим. Затем север Верхнего Египта контролировался могущественным номархом Гераклеополя, на юге власть находилась у жречества Амона-Ра. Страна переживала время тяжелого кризиса, упадка ирригационной системы. За новое объединение страны выступило фиванское жречество, которое смогло в этой борьбе опереться на военную мощь уже отделившейся от Египта Нильской Эфиопии (Куша). Консолидация местных эфиопских племен кушитов привела в VIII в. до н. э. к возникновению на южных границах Египта государства со столицей Напата у четвертого нильского порога. В середине VIII в. до н. э. эфиопский царь Пианхи вступил в Фивы и при поддержке жречества Амона, которому поклонялись и в Эфиопии, начал поход на север. Нижний Египет оказал упорное сопротивление. Возглавил борьбу против эфиопов правитель Саиса Тефнахт, которого поддерживали жрецы Мемфиса. Однако Мемфис был взят, и Пианхи вступил в дельту, пленив последнего царя XXIII ливийской династии — Осоркона. Тефнахт был вынужден признать власть Пианхи над Нижним Египтом.
Кушиты считали себя не завоевателями, а реставраторами древнеегипетской традиции, им частично удалось вернуть прежний блеск Египту. Например, в Судане, в некрополе Мероэ, они начали возводить остроконечные пирамиды, правда менее пропорциональные, чем египетские. XXIV династия правила уже не всем Египтом. Один из ее царей, Бокхорис, попытался положить конец ростовщичеству и долговому рабству в дельте. По преданию, он был взят в плен эфиопским царем Шабакой и сожжен.
В XXV династии (эфиопской) кроме Шабаки, окончательно объединившего страну, следует упомянуть имя Тахарки. Эти цари пытались играть политическую роль и в Передней Азии, но не могли даже контролировать Египет. Формально Египет в это время был единым государством с Нубией, которым управляла суданско-нубийская династия. Но уже царь Танумтамон жил практически не в Египте, а в Судане. Страна распалась на мелкие ливийские и египетские княжества, и в 647—665 гг. до н. э. Египет не смог противостоять ассирийскому завоеванию. В борьбе против захватчиков, правителям Саиса в дельте, Псамметиху I (663—610 гг. до н. э.) и его сыну Нехо II (609—594 гг. до н. э.), ливийцам по происхождению (XXVI династия), удалось объединить страну, откупившись золотом от ассирийцев. Нехо II принял участие в бурных событиях, сопровождавших гибель Ассирии в конце VII в. до н. э. Он на короткое время завоевал Палестину и Сирию, однако был наголову разбит вавилонскими войсками Навуходоносора II. Нехо пришлось отойти на собственную территорию. Однако честолюбивый правитель взялся еще за одно великое дело, он решил соединить Средиземное море с Красным. Это стоило жизни 120 тысячам рабов, но работы завершились лишь через 150 лет, при персидском царе Дарий. В 550 г. до н. э. греки основывают свою первую колонию на территории Египта — Навкратис, стремясь при помощи торгово-политического союза противостоять персам. В 527—525 гг. до н. э. Египет, после поражения Псамметиха III от Камбиса II, был завоеван персами и стал шестой сатрапией огромной империи. Персидские цари (Камбис II, Дарий I, Ксеркс I) провозглашали себя фараонами, но не переносили центр своей империи в Египет. Господство персов продолжалось почти два века. Восстания, зачастую инспирированные греками, однако, не приводили к независимости страны. Лишь Амиртею в 404 г. до н. э. (во время правления Ахеменидов в Персидской державе) удалось снова добиться независимости (XXVIII—XXX династии). Особенно прославился Нектанеб I (378—360 гг. до н. э.), который даже пытался завоевать некоторые области Передней Азии. В 343 г. до н. э. Артаксеркс III вновь сумел восстановить контроль над Египтом.
Вторжение войск Александра Македонского в 332 г. до н. э. было воспринято египтянами как избавление от персидского владычества. Он основал город Александрию. После смерти Александра Македонского в Вавилоне в 323 г. до н. э. его империя распадается. После правления в стране Филиппа Архидея и Александра IV (323— 304 гг. до н. э.), Египет попадает под власть одного из полководцев Александра Македонского Птолемея Лага (Сотера). Он основывает династию Птолемеев, начинается эллинистический период в жизни страны (IV—I вв. до н. э.). Первоначально преемники Птолемея I проводили мудрую и гибкую политику. Они восстанавливали разрушенные персами храмы, строили новые святилища, например Филе, Карнак, КомОмбо, Дендеру. К этому времени относится строительство Александрийского маяка, ставшего одним из чудес света. Однако Птолемеи начинают затяжные военные кампании против империи Селевкидов, запрещают использование папируса в качестве писчего материала (его сменяет пергамент). В это время Александрия становится признанной столицей Египта, центром не только торговли, но и культуры. Здесь жили многие знаменитые философы, писатели, художники. Здесь впервые на греческий язык переводится Библия. Здесь основывается знаменитая библиотека, делаются многие технические открытия. Кризис наступает с восшествием на престол Птолемея IV Филопатора (221—205 гг. до н. э.), который для нрихода к власти убивает свою мать, сестру и брата. Бесконечные дворцовые интриги, убийства, войны с государством Селевкидов становятся нормой египетской жизни. В середине I в. до н. э. власть перешла к 10-летнему Птолемею XIII, который был женат на своей 17-летней сестре Клеопатре VII. Интриги вышей знати вынудили ее искать покровительства римлян. Клеопатра обратилась за помощью к Помпею, который в это время начал войну с Юлием Цезарем. Однако в битве при Фарсале (48 г. до н. э.) Помпеи потерпел поражение и бежал в Александрию, где затем был убит. Именно в это время, в 47 г. до н. э., сгорела знаменитая Александрийская библиотека. Цезарь, покорив страну, не смог устоять перед чарами образованной и красивой царицы, которую он утвердил на египетском троне. Вместе с Цезарем Клеопатра торжественно въезжает в Рим, где, согласно египетским обрядам, совершается их бракосочетание. От их брака родился сын и наследник — Цезарион. После гибели Юлия Цезаря в 44 г. до н. э. Клеопатра возвратилась в Александрию, куда вскоре прибыл Марк Антоний, правитель восточной части римского государства, ставший новым возлюбленным Клеопатры. В 31 г. до н. э. Марк Антоний в битве при Акциуме потерпел поражение от своего соперника Октавиана Августа. В 30 г. до н. э. Антоний кончает жизнь самоубийством, а через несколько недель за ним последовала и Клеопатра, предпочтя смерть плену. Октавиан приказал умертвить Цезариона, последнего из Птолемеев, что положило конец XXXIII династии. Египет стал провинцией Римской империи и до 395 г. переживал с ней времена расцвета и упадка.
