До Салах ад-дина аль-Айюби местные правители не уделяли внимания стратегической важности холма, расположенного над городом. В течение нескольких лет после своего прибытия в Каир в 1168 году он начал строить планы по обороне города, основным элементом которых была крепость ал-Кала. В результате он и его преемники построили непроницаемый бастион, используя самые передовые строительные технологии своей эпохи.
В течение последующих 700 лет правители Египта руководили страной с этого холма. От первоначального комплекса до наших дней ничего не осталось, кроме участка стен и источника Бир Юсуф, откуда в цитадель поступала вода. Стены Айюбида, которые окружают цитадель с севера, достигают высоты 10 метров и толщины 3 метров. Эти стены и башни на них были построены по образцу крепостных стен, увиденных во время войн с крестоносцами.
В 1330-х годах Аль Назир Мухаммад, который управлял страной в течение трех различных периодов на протяжении 42 лет (с 1293 по 1340 годы) и считался самым великим султаном мамлюков, снес большинство зданий эпохи Айюбида, освободив место для собственных сооружений, среди которых были дворцы, мечеть и бараки для армии. Они тоже просуществовали не так долго: когда в 1800-х годах оттоманский наместник короля Мухаммад Али принял власть, он приказал до основания разрушить все мамлюкские здания и полностью перестроить комплекс, от которого до наших дней от него сохранились только мечеть с зеленым куполом и фрагмент руин полосатого дворца al-Qasr al-Ablaq. Цитадель в настоящее время предстает перед нами в том виде, в котором она существовала в эпоху Мухаммада Али, особенно мечеть, которая носит его имя.
